W czasach nazistowskich firma Bahlsen wykorzystywała możliwości ekonomiczne jakie wprowadzał narodowy socjalizm. Zgodnie z wynikami przeprowadzonego badania historycznego, główną motywacją dla większości osób zarządzających Bahlsen w tym czasie wydawała się być kontynuacja prowadzenie firmy w ramach reżimu nazistowskiego. Miało to tragiczne konsekwencje, wielu ludzi było krzywdzonych. To niewybaczalne.
Odpowiedzialni za to bracia Bahlsen byli członkami NSDAP. Chociaż nie działali jako najwyżsi przedstawiciele tej partii, byli w kontakcie z funkcjonariuszami NSDAP. Przez pewien czas wspierali też finansowo SS.
Aby zastąpić pracowników, którzy zostali powołani do Wehrmachtu lub przeniesieni do pracy w innych branżach, od 1940 roku do końca II wojny światowej Bahlsen zatrudnił w sumie ponad 800 robotników przymusowych z różnych krajów europejskich, głównie kobiet z Polski i Ukrainy. Robotnicy przymusowi musieli mieszkać w obozach należących do firmy i byli poddawani dyskryminacji rasowej. Bahlsen wykorzystywał również robotników przymusowych w oddziale fabryki, który został założony w Gerze w czerwcu 1943 roku.
Po rozpoczęciu niemieckiej okupacji Ukrainy w marcu 1942 roku Bahlsen przejął zarządzanie dużą fabryką ciastek w Kijowie, która została przekazana firmie przez reżim nazistowski. Bahlsen prowadził tam działalność zaopatrując z tego zakładu Wehrmacht do września 1943 r., kiedy Armia Czerwona odbiła miasto.
Po zakończeniu nazistowskiej dyktatury firma jako ważny producent żywności bardzo szybko otrzymała zgodę na produkcję. Bahlsen wykorzystał warunki rynkowe, które pojawiły się po reformie walutowej w 1948 roku, aby osiągnąć znaczny wzrost firmy w kolejnych latach.
Przez długi czas rodzina Bahlsen tylko powierzchownie zajmowała się tym okresem historii firmy. Pokolenie zarządzające firmą po wojnie polegało głównie na relacjach swoich przodków i zaniedbywało analizę historii wojennej. Dopiero kompleksowo przeprowadzone w latach 2019-2024 badanie historyczne pozwoliło uzyskać jasność i przejrzystość historii firmy w tym okresie.